Voditeljica studija: izv. prof. dr. sc. Vlatka Vukelić
Svrhovitost doktorskoga studija povijesti Fakulteta hrvatskih studija s obzirom na potrebe tržišta rada nalazi se u tome što on obrazuje buduće povjesničare-znanstvenike i povjesničare-nastavnike koji će se zaposliti u znanstvenim institutima i na sveučilištima s kompetencijama do kojih su došli kroz puno strožu selekciju nego što je to dosada bio slučaj. Na tim je budućim znanstvenicima i sveučilišnim profesorima da sačuvaju svijest o nacionalnoj prošlosti i da tu prošlost objektivno i prepoznatljivo prezentiraju budućim naraštajima znanstvenika, nastavnika i studenata. Ne treba posebno naglasiti da će planirani ulazak Republike Hrvatske u Europsku Uniju najviše utjecati na suvereni položaj Republike Hrvatske. Hoće li i kako primjena jedinstvenog europskog ustava utjecati na državni integritet pojedinih članica zapravo jedino ovisi samo o razini svijesti vlastitog identiteta i priznavanju tuđeg identiteta. Koliko će biti priznat hrvatski identitet najviše ovisi o tome što se u Europi uopće znade o Hrvatskoj i njenoj prošlosti. Jedino nositelji povijesne znanosti - znanstvenici i nastavnici - imaju adekvatan instrumentarij koji može pomoći širem razumijevanju hrvatske prošlosti među svojim europskim kolegama.
U okviru Fakulteta hrvatskih studija kao sastavnice Sveučilišta u Zagrebu studij povijesti uz preddiplomske i diplomske programe nudi i doktorski program. Institucijska strategija doktorskih studija na Fakultetu hrvatskih studija usmjerena je na ispunjenje zadaća Sveučilišta u Zagrebu kao istraživačkog sveučilišta (research university) i dio je nacionalne i europske strategije cjeloživotnog obrazovanja (lifelong learning), obrazovanja koje ide u korak sa stalnim znanstvenim razvojem u odgovarajućim znanstvenim područjima i poljima te obrazovanja koje je u funkciji individualnih, nacionalnih i globalnih potreba za znanjem.
Nastavu na doktorskom studiju povijesti na Fakultetu hrvatskih studija izvode nastavnici zaposleni na Odsjeku za povijest istoga Fakulteta, a od vanjskih suradnika treba izdvojiti sudjelovanje djelatnika Hrvatskoga Memorijalno dokumentacijskoga centra Domovinskog rata. Njihov pristup u prvome redu kreće od osobnog iskustva na znanstveno-istraživačkim projektima. Intenzivno su istraživali u raznim domaćim i stranim arhivima, a svoje su analize i sinteze prezentirali u raznim stranim i domaćim publikacijama i na raznim domaćim i stranim znanstvenim skupovima. Taj put koji predstavlja srž "povijesnog zanata", čini podlogu u raspravama s budućim naraštajima povjesničara. Specifičnost Fakulteta hrvatskih studija uostalom i jest u tome da su pokrenuti s ciljem uskog povezivanja nastavnog i znanstveno-istraživačkog dijela akademske zajednice.
Inovativnost doktorskoga studija nalazi se prvenstveno u organizaciji koja se temelji na integraciji znanstveno-istraživačke i nastavne sveučilišne djelatnosti, te generacijske i interdisciplinarne kolaborativnosti. S obzirom na dominantnu istraživačku pozadinu nastavnika cijeli je studij koncipiran prema njihovom profilu i kompetencijama. Naime, s obzirom na ustanovu u kojoj rade, nastavnici, osim što imaju veliko teorijsko znanje, imaju i veliko praktično iskustvo u koncipiranju i provođenju znanstveno-istraživačkih zadaća. Doktorski studij povijesti u potpunosti slijedi koncepciju i organizaciju studija povijesti na preddiplomskoj i diplomskoj razini i predstavlja završnu fazu u provedbi ideje generacijske solidarnosti i pragmatičnosti na način da iskusnija, starija generacija pomaže mlađoj generaciji prepoznati i zaobići "zamke" povijesnih istraživanja.
Studij povijesti na Fakultetu hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu prvi je među humanističkim znanostima u Republici Hrvatskoj uveo ECTS bodovni sustav (u akademskoj godini 2003./2004.) te svoj nastavni plan i program prilagodio bolonjskom procesu. Doktorski studiji povijesti u potpunosti slijedi ciljeve koji su naglašeni na Bologna Seminar u Salzburgu (3.-5.02.2005.), u Glasgow Declaration (15.04.2005.) i Bergen Communique (19./20.05.2005.).
Što se otvorenosti studija prema pokretljivosti studenata tiče polaznik doktorskog studija može slušati obvezatne i izborne kolegije na bilo kojem studijskom smjeru ili sastavnici bilo kojeg sveučilišta u Republici Hrvatskoj pod uvjetom da za taj kolegij postoje točno određena ECTS vrijednost. Polaznik doktorskog studija u načelu mora jedan semestar provesti na stranom sveučilištu i tamo prikupiti 30 ECTS bodova. Fakultetsko vijeće Fakulteta hrvatskih studija odlučit će o svakom presedanu vezanom za izbor izbornih i obvezatnih kolegija izvan matične kuće, a na temelju obrazložene zamolbe polaznika.