Fakultet hrvatskih studija počeo je kao inovativni projekt Sveučilišta u Zagrebu pod nazivom Sveučilišni komparativni studij hrvatske filozofije i društva godine 1992., a od godine 1993. zvao se Hrvatski studiji.
Javna ustanova Sveučilište u Zagrebu, Trg Republike Hrvatske 14, Zagreb, osnovala je 10. prosinca 2019. pravnu osobu, javnu ustanovu u svojem sastavu pod nazivom Sveučilište u Zagrebu, Fakultet hrvatskih studija, sa sjedištem u Zagrebu, Borongajska cesta 83d.